后来，兵部“议再征兵二千”,于是“良玉与民屏驰还”.返回石砫之时；正赶上永宁宣抚使猓猡族的奢崇明起兵叛乱，奢崇明的党羽樊龙占据了重庆，听说秦良玉带兵回到了石砫，马上“赍金帛结援”,秦良玉大怒道，“我受朝延厚恩，正思报效国家，岂能与叛贼为伍！”朝延闻报后，授秦良玉为都督佥事，拜为石砫总兵官，以示嘉奖。天启三年（1623）四月，良玉继续领兵攻奢，连下奢军最后盘据的遵义、永宁、蔺州（今古蔺）和九节滩、红崖墩、观音寺、青山墩及江潦48寨，全川平定。奢崇明逃往贵州，勾结水西（今乌江上游鸭池河以西）土司安邦彦同反。安邦彦自立为罗甸王，招兵买马，占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆军入黔平乱，白杆军奋勇作战，很快就平定了叛乱，杀死了安邦彦，但也赔上了秦民屏的性命。

　　崇祯三年（1630年），皇太极攻榆关不入，便率十万辫子军绕道长城喜峰口入侵，攻陷遵化后，进抵北京城外，连克永平四城，明廷大震。清兵趁机直奔向通州，京师形势十分急迫。明朝廷再次诏今天下诸军镇边勤王，秦良玉接旨后，带领她的白杆兵，日夜兼程赶往京师，并“出家财济饷”,以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。秦良玉的部队与清兵在京师外围相遇，还没来得及安营扎寨，就开始了全面进攻。年己五十五岁的秦良玉，手舞白杆长矛，好似“瑞雪飞舞、梨花纷飘，锋刃所过之处，清兵不是头落地就是手脚分家”;所有白杆兵将士，无不以一当十，威猛如虎，打得清兵落荒而逃。很快，秦良玉接连收复了滦州、永平、迁安、遵化四城，解救了京城之围。崇祯帝大加感慨，特意在北京平台召见秦良玉，优诏褒美，赏赐彩币羊酒，并亲赋诗四章，彰其功绩：

　　学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符，

　　由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。

　　蜀锦征袍自剪成，桃花马上请长缨，

　　世间多少奇男子，谁肯沙场万里行。

　　露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。

　　凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。

　　凭将箕帚扫虏胡，一派欢声动地呼，

　　试看他年麟阁上，丹青先画美人图。

　　明军收复永平四城后，朝廷留其马祥麟和秦翼明驻京畿防守，命良玉回川“专办蜀贼”.

　　又过了十来年，起义军张献忠进入四川一带，年过花甲的秦良玉再次披挂上阵，风采不减当年。她率领白杆兵，连战连捷，解除太平之围，扼罗汝才于巫山，斩东山虎于谭家坪，使张献忠的军队在川地吃了不少苦头。然而，由于川地屡经兵灾，府库空乏，粮饷短缺，损失的兵力无法补充；而起义军部队势力强大，如潮水般涌进川蜀，整个战局上，官兵无法取胜。秦玉良万般无奈，只有退保石砫一地。这时京城已被李自成所率领的义军攻破，明思宗自缢于煤山，大明皇朝在风雨飘摇中终于彻底倒塌，李自成入主京城，张献忠则想牢牢控制住川蜀，以作为自己的据点。张献忠东征西战，几乎囊括了全蜀，却唯对石砫弹丸之地无可奈何。已六十八岁高龄的秦良玉，带着她手下历经百战的白杆兵，誓死抗拒，一直到张献忠败亡，起义军终没能踏入石砫半步。清顺治五年端阳节过后，七十五岁的秦良玉，在一次检阅过白杆兵后，刚刚迈下桃花马，身子突然一歪，溢然离开了人世，这次阅兵成为她与自己的白杆兵诀别的礼物。